Jak działają leki - zajęcia z wizualizacji i modelowania molekularnego
W ramach zajęć odbędzie się prezentacja laboratorium Biomodelowania w Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych (CNBCh) wraz z pokazem możliwości obliczeniowych i wizualizacyjnych biomolekuł, tj. białek i leków, w formie ćwiczeń do samodzielnego wykonania. Białka są dynamicznymi strukturami i leki lub hormony oraz inne substancje egzogenne wiążą się z nimi również na sposób dynamiczny. Zastosowanie metody dynamiki molekularnej i modelowania molekularnego oraz coraz szybszych komputerów sprawiło, że możemy symulować te struktury w ich naturalnym środowisku tj. w roztworze wodnym lub błonie komórkowej dla białek błonowych, oraz badać ich oddziaływania z różnymi substancjami.
Na kilku stanowiskach komputerowych będzie można przeprowadzać symulacje i wizualizacje biomolekuł, np. zobaczyć jak wygląda denaturacja białek (taka białkowa jajecznica) w skali atomowej, poprzez rozciąganie struktury białka w różne strony, porównać wiązanie się serotoniny i różnych substancji psychoaktywnych do receptorów serotoninowych, morfiny i innych związków do receptorów opioidowych, jak również zobaczyć inne białka i leki. Będzie można spróbować własnoręcznie wyciągnąć lek z kieszeni wiążącej w białku lub zmodyfikować lek tak, żeby uzyskać silniejsze wiązanie z białkiem.
